Основу экономики района во многом определяет развитие агропромышленного комплекса,где работают 12 крупных предприятий, включая 3 филиала агрохолдингов,4 свиноводческих комплекса, а также 82 крестьянских (фермерских) хозяйства и индивидуальных предпринимателя. Крупными промышленными предприятиями района являются: ООО «Hochland», ПО «Пищевик», ООО «Заря», МУП «Беленихинский кирпичный завод». Основной продукцией промышленных предприятий является мясо-молочная продукция, кондитерские изделия.

Наиболее крупными сельскохозяйственными предприятиями являются: ООО «БелгоГен», Прохоровский филиал ООО «Агро-Мир», Прохоровское подразделение ООО «Агрохолдинг Ивнянский», ООО «Свинокомплекс Прохоровский».

Сельскохозяйственная продукция в Прохоровском районе представлена зерновыми культурами, подсолнечником, сахарной свеклой, молоком, мясом говядины и свинины.

«Селекционно-генетический центр» создан для производства чистопородных свинок и хряков с генетически гарантированной продуктивностью, устойчивых к заболеваниям и интенсивному использованию в условиях свиноводческих комплексов.

Первостепенной целью «Селекционно-генетический центра» является выведение и совершенствование племенного поголовья материнских и отцовских линий свиней.

Прохоровское райпо

Многопрофильное хозяйство Прохоровского райпо ежегодно набирает темпы. Здесь успешно развиваются торговля, общественное питание, производственно-заготовительный комплекс. Кооператоры предлагают землякам широкий ассортимент товаров и услуг как в райцентре, так и в глубинке. Два автомагазина четко по графику курсируют по малонаселенным селам и хуторам — в районе их свыше 70.

Прохоровский кооперативный бизнес все делает для своих земляков. Здесь ежегодно реконструируются свыше 10 предприятий торговли и общепита, магазины переводятся на самообслуживание, а в производстве полным ходом идет модернизация. Три мини-пекарни, установленные в магазине «Универсам» поселка Прохоровка, сел Подольхи и Беленихино, обеспечивают покупателей горячим хлебом. Завершается установка такой чудо-пекарни и в селе Холодное.

Ассортимент вырабатываемой продукции превышает 170 наименований. Расширен выпуск хлебобулочных изделий профилактического назначения, освоены технологии выработки сдобного печенья, постных кондитерских изделий и другие; объем услуг общественного питания в общем объеме деятельности занимает 14%, что на 2% выше среднего по области. Обновлен и расширен выпуск собственной продукции, ее удельный вес вырос на 8%; в кафе «Радуга» п.Прохоровка установлен пароконвентомат. Высокий профессионализм работников отрасли позволил райпо занять первое место в IV и V Белгородском областном смотре предприятий общественного питания в номинации «Кондитерское мастерство» (2009, 2010 годы); В колбасном цехе Прохоровского райпо, в селе Беленихино, производится 17 видов колбас, четыре вида копченостей, недавно стали выпускать полуфабрикаты. Ежемесячно цех выпускает 10 тонн продукции.